این مجتمع در سال 1365، در شهر شیراز آغاز به کار نمود و در سیر تحولات نزدیک به چهل ساله ي خود عناوین سازمانی متفاوتی را تجربه کرده است. این مجتمع تا کنون دو رده از صنایع دفاعی کشور به نام هاي گروه الکترونیک دریایی - صا شیراز و گروه صنایع شناور های شهید صفایی – سازمان صنایع دریایی را ایجاد كرده و در شكل گيري رده اي در پروژه ماهواره مشاركت داشته است.
مجتمع دانشگاهی علوم وفناوری هوادریا، کانون تولید علم و فناوری های پیشرفته دفاع دریایی در طراحی و ساخت تجهیزات و ادوات مورد نیاز نیروهای مسلّح کشور می باشد. این مجتمع دانشگاهی، با انجام تحقیقات بنیادین، کاربردی و توسعه ای و با آگاهی از پیشرفت های حاصله در علوم و فناوری های دریایی، جبهه مقدم فتح سنگرهای دانش و فناوری در بخش دفاع دریایی می باشد.
این مجتمع دانشگاهی در شیراز با بهره گیری از اساتید و کارشناسان خود و بهره مندی از آزمایشگاه های جامع خود نظیر آزمایشگاه حوضچه کشش و آزمایشگاه مرجع هیدروفیزیک و بهره مندی از جدیدترین و به روز ترین نرم افزارهای تخصصی، در سه پژوهشکده مستقل با نام های هیدروآیرودینامیک، هیدروفیزیک و رادار، جنگال و مخابرات دریایی، انجام وظیفه می نماید.
مجتمع دانشگاهی علوم و فناوری هوادریا علاوه بر ایفای نقش موثر و کارآمد خود در تولید علم در حوزه دفاع دریایی، اقدامات موثری را در ایجاد فناوری در کشور رقم زده است و با پیوند علوم دانشگاهی به علوم کاربردی، پیشرفت های قابل ملاحظه ای را در حوزه هوادریا کسب نموده است؛ تا جایی که در عمر 35 ساله آن، دو صنعت توانمند از این مجتمع پایه ریزی شده و شکل گرفته است. در سال 1376، گروه الکترونیک دریایی در صنایع الکترونیک شیراز و در سال 1387 گروه صنایع شناورهای شهید صفایی در سازمان صنایع دریایی از مجتمع دانشگاهی علوم و فناوری هوادریا شکل گرفته است. همچنین در سال 1377، تعداد قابل توجهی از کارکنان مجتمع، پایه گذار صنعت ماهواره در تهران بوده اند.
پردیس شهید چمران در بلوار شهید چمران شیراز، مرکز اصلی آموزشی - تحقیقاتی مجتمع و پردیس کوثر، مرکز زیرساخت های پژوهشی، آزمایشگاهی و کارگاهی مجتمع می باشد.
